1997  לאחר  שנתיים של פעילות הוכר המרכז כעמותה שלא למטרות רווח. בשנה זו הושקה סדרת הקונצרטים הקאמריים המונחים "שבת קלאסית" שנמשכה ברצף שניים עשר עונות והופיעו בה מיטב הנגנים הישראלים ואורחים מחו"ל.  כן נוסדה תחרות החליל להנצחת זכרו של סרן אילן שפירא (ז"ל) שנפל בקרבות החווה הסינית . התחרות החלה כחלק מכנס חלילנים ארצי "בסימן 50 שנות חליל בארץ" שיזם המרכז . הכנס כלל ,בנוסף לתחרות, קונצרטים, הרצאות ותערוכה. הזוכה בתחרות הראשונה היה החלילן הישראלי  יבגני פניוק. אורח האירוע  היה החלילן  הראשי של התזמורת הסימפונית של בוסטון, ז'אק זון.  אחד מהאירועים המיוחדים היה ערב מחווה לשני בכירי החלילנים הישראלים  אורי טפליץ ואורי שוהם. התחרות ביססה עצמה והיתה לחלק בלתי נפרד מפעילותו של המרכז .

1998  בעקבות הצלחת תחרות החליל הוקם  פסטיבל המוסיקה בחיפה.  בנוסף לתחרות היו בפסטיבל קונצרטים מגוונים וכתות אמן.  הזוכה בתחרות החליל השניה  היה החלילן הישראלי ירון גורדון.

לרגל שנת שופן הבינלאומית יזם המרכז בעונה זו סדרת קונצרטים ייחודית בשם  "שופן שלי" בהשתתפות טובי  הפסנתרנים הישראלים, ביניהם פנינה זלצמן, יהלי וגמן, אלכסנדר תמיר, רויטל חכמוב  ואנדרה היידו.

1999  פסטיבל המוסיקה חיפה  ה II ארח את נגן החלילית השוודי דן לאורין אשר בנוסף להופעתו בקונצרטים הקדיש מזמנו לכתות אמן לנגנים צעירים. פסטיבל זה כלל תחרות לנגני חלילית והזוכה במקום הראשון היה נגן החלילית הגרמני  מיכאל הל. בשנה זו נחתם הסכם שיתוף הפעולה עם פסטיבל השוברטיאדה בגרמניה.

2000  האירוע המרכזי  בשנה זו היה  הקמת  תזמורת הבית של המרכז. התזמורת הורכבה מגרעין הנגנים המובילים של התזמורת הפילהרמונית אשר הופיעו בקביעות בסדרת הקונצרטים השנתית "שבת קלאסית"  . פסטיבל המוסיקה ה III התקיים לראשונה במתכונת בינלאומית ובשיתוף עם פסטיבל השוברטיאדה הגרמני. הוזמנו אליו מוסיקאים רבים, ביניהם הפסנתרן הגרמני ארקדי צנציפר, הצ'לן הבריטי ליאוניד גורוכוב, הויולן הרוסי אנדריי דוגדין, הפסנתרנים הישראלים  עידו בר שי ורומן רבינוביץ'. רביעיית הג'אז של דן כהן נגן הסקסופון ארני לורנס.  תזמורת הבית של המרכז  הופיעה בקונצרט הבכורה שלה באודיטוריום חיפה במעמד שגריר גרמניה.

בשנה זו הוכרזה תחרות החליל באופן רשמי כתחרות החליל הבינלאומית חיפה 2000. היא התקיימה כאירוע נפרד והוכרה בשנה זו על ידי משרד התרבות כאחת משלשת תחרויות המוסיקה הבינלאומיות של ישראל. הזוכה במקום הראשון בתחרת זו היה החלילן הסיני ג'ין טה. יצירת החובה בתחרות זו היתה הקונצ'רטו לחליל ותזמורת של המלחין הגרמני ממוצא סורי נורי אל רוהייבני.

2001 פסטיבל המוסיקה הבינלאומי חיפה ה IV  התקיים בפסח. בין אורחי הפסטיבל בשנה זו היו הויולן הצ'כי ולדימיר בוקץ', הפסנתרן הגרמני ארקדי צנציפר, הכנר איליה קונובלוב, הצ'לן עמנואל גרובר, הפסנתרן ארנון ארז, תזמורת הבית של המרכז ורביעיית הג'אז של דן כהן.

ביוני  שנה זו  הוזמנה תזמורת המרכז לארה"ב וניגנה שני קונצרטים בפסטיבל האמנויות בקולומביה מרילנד עם זוכה תחרות החליל הבינלאומית 2000 החלילן הסיני ג'ין טה , אשר ניגן גם את יצירות של אל רוהייבני. קונצרט נוסף התקיים בפילדלפיה.

בשנה זו יזם המרכז תחרות לעידוד יצירה בת זמננו וקרא להלחנת קונצ'רטו לחליל ותזמורת מיתרים שתהיה  יצירת חובה בתחרות החליל. הזוכה בתחרות היה המלחין הישראלית מקסים לוי.

2002 פסטיבל המוסיקה הבינלאומי ה V התקיים באביב  וכותרתו "בעיקר צ'לו" . השתתפו בפסטיבל זה תזמורת הבית של המרכז , הצ'לנים שמואל מגן, עימנאול גרובר, ופליקס נמירובסקי, הכנר אלכסנדר שטארק והפסנתרנים מיכל טל ורומן רבינוביץ'. כמו כן הופיע כסולן וברסיטל נגן העוגב יובל רבין.

בתחרות החליל הבינלאומית בשנה זו זכתה החלילנית הגרמניה בריטה יעקבס. יצירת החובה בתחרות זו היתה הקונצ'רטינו לחליל ותזמורת של המלחין הישראלי מקסים לוי.

2003  באוקטובר  שנה זו  הוזמנה תזמורת הבית של המרכז  להופיע בקונצרט חגיגי לשלום בלונדון. בקונצרט, בניצוחה של עדה פלג, הופיעו החלילן הבריטי ממוצא לבנוני וויסאם בוסתאני והצ'לן הבריטי  רפאל וולפיש. וויסאם בוסנתי ניגן את הקונצ'רטו לחליל של מקסים לוי.  פעילות המרכז לטיפוח דו קיום באמצעות מוסיקה זכתה לחשיפה רבה בתקשורת בארץ ובלונדון . אורח הכבוד שנשא דברים בקונצרט זה  היה טרי ווייט, איש הדת הבריטי שהיה בשבי חיזבאלה שנים רבות.

בתחרות למלחינים בשנה זו זכה המלחיין הסיני ד"ר שוקין ייפ.

2004  בשנה זו ארח המרכז את החלילן האיטלקי רפאל טראויזני בסדרת קונצרטים בה ניגן כסולן עם  תזמורת הבית של המרכז בניצוחה של עדה פלג וביצע את הקונצ'רטו לחליל  "שון"  של ד"ר  סטיבן ייפ , זוכה תחרות 2003  הקונצרטים התקיימו בחיפה, תל אביב ולראשונה גם בצפת ובבית גבריאל.

2005  פסטיבל המוסיקה הבינלאומי חיפה התקיים בנובמבר וכותרתו "בעיקר חליל".  עם שופטי התחרות בשנה זו נמנו החלילנים אנדראש אדוריאן ומריאן הנקל (גרמניה) והמלחין האמריקאי ד"ר  דויד ווינקלר והיא כללה, בנוסף לשלבי התחרות, גם "הפנינג" עשיר לחלילנים צעירים. בתחרות זכתה החלילנית התורכיה אליף יורדקול. קונצרטים במסגרת התחרות התקיימו בחיפה, בהיכל התרבות אור עקיבא ובאודיטוריום שטריקר בתל אביב .

2006  פעילות המרכז בצפת זכתה להצלחה והורחבה לפסטיבל "קלאסי צפת" שהיה המשכו של פסטיבל המוסיקה הבינלאומי חיפה. אורחת פסטיבל זה היתה התזמורת הקאמרית של שטוטגרט שהופיעה בשני קונצרטים בצפת ובקונצרט חגיגי בתל אביב לציון 40 שנה לכינון היחסים הדיפלומטיים עם גרמניה.  כמו כן הופיעו הפסנתרנים יובל אדמוני ותמי קנאזאווה, הכנר האמריקאי בן הדסון, הצ'לן הגרמני גיאורג בונאר הפסנתרנית רויטל חכמוב ונגנים אחרים.

בשנה זו הוזמנו תזמורת הבית של המרכז והמנצחת עדה פלג על ידי איגוד המלחינים הברזילאי להקליט עם החלילן הברזילאי ג'יימס שטראוס תקליטור של קונצ'רטי לחליל ותזמורת מאת מלחינים ברזילאים. התקליטור, Made in Brazil  יצא לאור בשנת 2010.

2007 הפסטיבל הרחיב  את פעילותו גם   לראש פינה. אחד משיאיו של פסטיבל זה היתה הפקת "רוצה להיות זמר אופרה" ,אופרה מקורית לילדים ולכל המשפחה, מוסיקה של מקסים לוי למילים של תמרה אמיתי ובבימויו של יגאל אמיתי.

העונה ה- 12 והאחרונה של סדרת  "שבת קלאסית"  התקיימה במוזיאון טיקוטין בחיפה.

2008 אורח  פסטיבל קלאסי צפת  היה אלכסנדר זמצוב, הויולן הראשי של התזמורת הסימפונית של לונדן, אשר הופיע בקונצרטים ואף נתן כתות אמן לנגנים צעירים מהאזור. כמו כן השתתפו יוסי ארנהיים, אירית רוב ובלה שטיינבוך , אבגניה פיקובסקי, אליקים זלצמן, דמיטרי ראטוש וקיריל מיכנובסקי . במסגרת הפסטיבל היתה הפקה מיוחדת של אופרת הרוק החומה, של פינק -פלויד בביצוע להקת אובלינס והרכב קשתנים.

2009 תחרות החליל  הבינלאומית  היתה האירוע המרכזי בשנה זו והיא התקיימה בצפת במסגרת פסטיבל קלאסי צפת 2009. בתחרות השתתפו חלילנים צעירים מכל העולם. כחלק מהפסטיבל התקיימו  קונצרטים בנגינת  שופטי התחרות יוסי ארנהיים, גואוליאנג האן (סין) הנס גיאוג שמייזר (אוסטריה) ואורחים מהפילהרמונית הישראלית. קונצרט הסיום של התחרות התקיים באודיטוריום קריגר בחיפה בהשתתפות תזמורת המרכז בניצוחה של עדה פלג והזוכה במקום הראשון היתה החלילנית הסלובנית שפלה קראזאן. קונצרט הסיום הועלה ליו טיוב וזכה עד היום  לכ 100,000 צפיות.

2010 בשנה זו התחיל שיתוף הפעולה הפורה עם הכנסיה הארמית מרונית בגוש חלב ותחילתה של סדרת הקונצרטים "בעיקר מוצרט בגליל". בקונצרט הפתיחה החגיגי  בוצע ה"רקוויאם" של מוצרט  עם סולני ומקהלת האופרה הישראלית ותזמורת הבית של המרכז בניצוחה של עדה פלג. הקונצרט  זכה  להצלחה גדולה והתווה את המשך דרכה של העמותה בגליל.

2011 הפסטיבל בכותרת "בעיקר מוצרט בגליל" התקיים בראש פינה, צפת וגוש חלב. בין המשתתפים בעונה זו התזמורת הקאמרית הישראלית, המקהלה הקאמרית רמת גן עם הסולנים שרון רוסטרוף-זמיר, סבטטלנה סנדלר, איתן דרורי ואלכסנדר קנוניקוב ולצידם הרכב קאמרי מהפילהרמונית הישראלית, רביעיית המיתרים החיפאית "זמיר" והזמרת מיכל שמיר עם הפסנתרנית בלה שטיינבוך.  הפסטיבל התקיים בשיתוף עם סינמטק ראש פינה אשר הקרין את הסרט האיטלקי  "אני דון ג'יובני"

החלילנית שפלה קרז'אן, זוכת תחרות החליל הבינלאומית 2009 הוזמנה על ידי המרכז להופיע בקונצרט מיוחד עם התזמורת הקאמרית הישראלית . בקונצרט זה השתתפה גם הפסנתרנחית הסינית שייאן וואנג והוא התקיים בחיפה ובתל אביב.

2012 שיתוף הפעולה עם התזמורת הקאמרית הישראלית נמשך לביצוע המיסה הגדולה של מוצרט עם המקהלה הקאמרית עמק חפר וסולנים.

בשנה זו היה המרכז שותף לחידוש הקונצרטים הקלאסיים בפסטיבל עין גב והפיק את הסימפוניה  התשיעית של בטהובן עם התזמורת הסימפונית ירושלים, שלש מקהלות וסולנים בניצחה של עדה פלג.

קונצרט חגיגי לקידום תחרות החליל התקיים בכנסיית סטלה מאריס בחיפה ולקחו בו חלק  החלילנים  יוסי ארנהיים, ונעמה נוימן ותזמורת של חלילנים צעירים.

2013 החלה בגוש חלב עם ביצוע בכורה בישראל של המיסה לתרזה של היידן, בהשתתפות נגני הפילהמונית הישראלית, מקהלת עמק חפר והסולנים אירה ברטמן, סבטלנה סנדלר, יותם כהן וזמר הבאס הגרמני פליקס שפאר. לאור הביקוש הרב בוצע קונצרט זה בפעם השניה בכנסיה המרונית בנצרת.

 קונצרט מיוחד עם תזמורת המרכז והפסנתרנית הסינית  שייאן וואנג התקיים באולם בכפר בלום. וקונצרט עם תזמורת המרכז וסולנים חנך את האודיטוריום החדש שהקים סטף ורטהיימר בגן התעשיה נצרת.

תחרות החליל הבינלאומת 2013  – התקיימה  בשלשה אתרים בנצרת –מלון סנט גבריאל, אודיטוריום גן התעשיה ובכנסיה המרונית. שלושים משתתפים מכל רחבי תבל ועשרה שופטים בינלאומיים נכחו בתחרות שכללה קונצרטים רבים ומגוונים. שלב הגמר הועבר בשידור ישיר באינטרנט וזכה למאות צפיות בכל רחבי תבל. הזוכה בתחרות זו היתה החלילנית הישראלית מרגריטה טימושין.

2014 הפקת "מיסה תרזה" של היידן שהיתה בנצרת הוזמנה על ידי רשות השידור הישראלית ואיגוד השידור האירופי. הקונצרט בוצע ביולי  באולם הנרי קראון בירושלים והוא הועבר בשידור ישיר בארץ ולכל העולם וזכה לצפיות מרובות.

בדצמבר הוזמן המרכז על ידי שגרירות ישראל בפריז להפיק קונצרט חגיגיבפריזלציון 65 שנה לכינון היחסים הדיפלומטיים בין ישראל לצרפת. בקונצרט ניגנה תזמורת קול המוסיקה של פריז בניצוחה של עדה פלג , הנבלנית הצרפתיה כריסטין איקארט והחלילן יוסי ארנהיים. הקונצרט זכה לחשיפה גדולה מאד בפריז והיה נדבך חשוב בהעמקת קשריםמקצועיים לקידום תחרות החליל הבינלאומית.

2015   החלה בהפקת "משיח" של הנדל בכנסיה המרונית החדשה בנצרת. קונצרט האביב התקיים בגוש חלב ובוצעה  בו ה"סטאבאט מאטר" של פרגולזי אשר  הוקדשה לזכר קרבנות השואה של העם הארמי מרוני. באוקטובר 2015 תחודש פעילות העמותה בצפת ותושק סדרת קונצרטים קאמריים  בחאן האדום ברובע האמנים בצפת.

2016  במרכזה של עונה זו  היה ארוח החלילן הנודע סר ג'יימס גאלוויי ורעייתו החלילנית ליידי ג'יני גאלוויי ואת תזמורת Voxmusicorum de Paris בניצוחה של עדה פלג, לסדרת קונצרטים בצפון וקונצרט סיום בתל אביב אשר הועבר בשידור ישיר בקול המוסיקה.

2017 שנת פעילות ענפה במספר אתרים בגליל: קונצרט בכנסייה המרונית בגוש חלב בהשתתפות אנסמבל בארוקאמרי בניצוחו של אבנר איתי, קונצרטים קאמריים בראש פינה ובקיבוץ ברעם בהשתתפות נגני מהפילהרמונית הישראלית וסולנים מהאופרה הישראלית וכן פסנתרנים מהארץ ומחו"ל וקונצרט חגיגי לסיום השנה בקיבוץ כפר בלום בהשתתפות התזמורת הסימפונית חיפה וסולנים בניצוחה של עדה פלג.